Проще всего это можно сделать с помощью правил для mod_rewrite (модуля веб-сервера Apache), которые размещаются в файле .htaccess, который в свою очередь находится в корне сайта. Выглядит это так:

<IfModule mod_rewrite.c>
  RewriteEngine on
...
  RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.site.ru$
  RewriteRule ^(.*)$  http://site.ru%{REQUEST_URI} [R=301,L]
...
</IfModule>

Точки ... означают, что могут быть и другие правила для mod_rewrite. Для организации редиректа необходимо разместить вышеуказанные строчки поближе к директиве RewriteEngine On (в идеале сразу после неё, если конечно, нет каких-либо причин, не позволяющих это сделать.