Самое простое - воспользоваться утилитой tune2fs.

Выполните:

tune2fs -c 1 /dev/sda1

где вместо /dev/sda1 укажите свой раздел, где нужно произвести проверку после перезагрузки. Затем перезагрузитесь.

Не забудьте потом снова выполнить команду, но уже не со значением 1, а с желаемым количеством перезагрузок перед следующей проверкой.

Внимание! Помните, что проверка больших файловых систем может занять очень продолжительное время! Всё это время ваш сервер будет недоступен по сети и при удалённой перезагрузке, если у вас не подключен IPKVM, понять выполняется ли проверка или произошли какие-то другие проблемы будет невозможно.