При выполнении разных команд мониторинга nagios перидически выдаёт ошибку: Could not open pipe. Что делать?

Всему виной отсутствие свободных файловых дескрипторов. Вам необходимо увеличить для nagios их доступное количество. Сделать это можно, например добавив в CentOS команду

ulimit -n 65000

в файл  /etc/sysconfig/nagios (если такого файла нет, нужно его создать), или добавить ulimit -n 65000 прямо в скрипт запуска демона nagios (в других дистрибутивах Linux).