Некоторые CMS, например Bitrix рекомендуют устанавливать пустое значение open_basedir в PHP, потому что непустое значение приводит к значительному снижению производительности работы PHP. Если мы правим значение в php.ini, то всё понятно, но как установить пустое значние в .htaccess или в настройках виртуалхоста через php_value, php_admin_value?

Действительно, если указать:

php_value open_basedir ""

то web-сервер выдаст ошибку при тестировании конфигурации, если вы сделаете это в настройках виртуалхоста, и 500-ку если вы сделаете это в файле .htaccess. Чтобы всё было в порядке используйте значение "none", т.е.:

php_value open_basedir none