Программный RAID в Linux записывает в суперблок на каждом разделе специальную информацию, которая при загрузке позволяет ядру Linux автоматически определить наличие программных RAID, установленных в системе. Однако, такой подход играет злую шутку, когда вы удаляете ненужный RAID, меняете тип файловой системы и форматируете файловую систему для других нужд. В полной уверенности, что всё в порядке, вы перегружаете компьютер, а иногда и сервер спустя дни, недели или даже месяцы и тут при перезагрузке всё ломается - система откуда-то вспоминает про программный RAID, которого там уже давно быть не должно.

Чтобы такого не случилось, не забывайте после того, как вы остановите программный RAID и "разберёте" его, выполнить для каждого раздела программного RAID, команду чистки супеблока:

mdadm --zero-superblock /dev/sda1

например как здесь для раздела /dev/sda1.