Описание ситуации

Через какое-то время нормальной работы, в произвольный момент, случает повреждение файловой системы. Ядро говорит об ошибках чтения файловой системы в /var/log/messages и перемонтирует файловую систему в режим только для чтения. После проверки файловой системы и устранении возникших ошибок, всё опять работает какое-то время, затем снова неожиданно повреждение файловой системы.

Решение

Иногда в таком странном поведении операционной системы виновата кривые драйверы контроллера жёстких дисков, которые неправильно взаимодействуют с самими дисками. Например, если диски SATA и для них включен режим NCQ, то может помочь следующее: При загрузке операционной системы, необходимо добавить в /etc/rc.local команды:

echo 1 > /sys/block/sda/device/queue_depth

для каждого вашего диска (здесь указан диск /dev/sda) что приводит к установке глубины очереди NCQ в единицу, т.е. фактически отключению NCQ. Работа дисковой подсистемы несколько замедляется, зато прекращаются неожиданные повреждения файловой системы.

Источник: https://ata.wiki.kernel.org/index.php/Libata_FAQ