Современные версии ядер, CentOS > 6,  Ubuntu 10.04 LTS до Ubuntu 12.04 LTS и т.д. (предположительно начиная с ядра 2.6.28) содержат баг, который на платформе Intel существенно снижает производительность системы из-за слишком медленного переключения контекста в механизме многозадачности.

Подробности читайте здесь: http://stackoverflow.com/questions/12111954/context-switches-much-slower...

Данная проблема решается добавление специальной строчки к загрузочным параметрам ядра и его перезагрузкой:

intel_idle.max_cstate=0 processor.max_cstate=0 idle=mwait