Причин возникноверия ошибки: Lost Connection to MySQL server  at 'waiting for initial communication packet',system error: 0 может быть несколько.

На просторах Интернета есть разные рецепты лечения данной ошибки, поэтому перечислю их все:

1. Записать в файл /etc/hosts.allow строку:
   

   mysqld: ALL

2. В файле конфигурации MySQL-сервера /etc/my.cnf добавить директиву:
   
   

   skip_name_resolve

   
   и перезапустить MySQL-сервер

3. Проверьте маршрутизацию от клиента до сервера. Надо убедиться, что маршруты пакетов в обе стороны ходят правильно, например что входящие пакеты доходят до MySQL-сервера, а исходящие при этом не блокируются или не уходят через шлюз, который отличается от входящего.