Попробуйте поискать здесь: файл include/application.php и в нём строки:

include_once($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/modules/mod_banners/header.gif');
$document_render_content .= "<div style=\"font-size: 10px;\">".@$sys_ctrl."".@$sys_lctr."</div>\n</body>\n</html>";

Строки могут немного изменяться, так что если не найдётся сразу, попробуйте поискать по имени переменной sys_lctr и по имени картинки header.gif.

Как вы наверное уже поняли, в header.gif лежит зашифрованный код, который генерирует содержимое переменной $sys_lctr, которое и содержит те самые рекламные ссылки, которые вставляются к вам внизу страницы.

Лечение простое. Удалите вышеуказанные строки, удалите header.gif. Проверьте, что в modules/mod_benners другой каки не осталось.