При заливке дампа MySQL-сервер выдаёт ошибку "ERROR 2006 (HY000) - MySQL server has gone away", но никаких пояснений больше ни в командной строке ни в логе нет. Судя по логу всё нормально.

Попробуйте увеличить в конфигурационном файле MySQL (обычно /etc/my.cnf) значение переменной:

max_allowed_packet = 64Mb

Или даже больше поставить. Иногда подобная ошибка вызвана слишком большим значением, которое вы пытаетесь вставить в таблицу. Не забудьте после изменения перезапустить MySQL сервер.