Дело всего лишь в одном параметре конфигурации: innodb_flush_log_at_trx_commit

По умолнчанию, его почему-то решили выставить в 1, что означает, что InnoDB сбрасывает буферы на диск при каждой транзакции. Т.е. ЛЮБОЕ изменение данных приводит к синхронизации с диском, что страшно медленно и просто насилует диск по полной программе. В /etc/my.cnf в секции [mysqld] выставьте этот параметр в значение 0 или 2, т.е.

[mysqld]
...
innodb_flush_log_at_trx_commit = 0

и перезапустите сервер. Значение 0 заставляет InnoDB скидывать буферы на диск каждую секунду, а значение 2 вообще оставляет этот вопрос операционной системе. В зависимости от вашего приложения может быть выгодней либо то, либо другое.