Дело всего лишь в одном параметре конфигурации: innodb_flush_log_at_trx_commit

По умолнчанию, его почему-то решили выставить в 1, что означает, что InnoDB сбрасывает буферы на диск при каждой транзакции. Т.е. ЛЮБОЕ изменение данных приводит к синхронизации с диском, что страшно медленно и просто насилует диск по полной программе. В /etc/my.cnf в секции [mysqld] выставьте этот параметр в значение 0 или 2, т.е.