Если вы хотите, чтобы при следующей загрузке операционной системы принудительно выполнилась проверка файловой системы, необходима в корневом каталоге создать файл .autofsck. Проверка будет запущена только для тех файловых систем, которые перечислены в /etc/fstab. Если данная проверка необходима однократно, не забудьте удалить этот файл после загрузки системы.

Самое простое - воспользоваться утилитой tune2fs.

Выполните:

tune2fs -c 1 /dev/sda1

где вместо /dev/sda1 укажите свой раздел, где нужно произвести проверку после перезагрузки. Затем перезагрузитесь.

Не забудьте потом снова выполнить команду, но уже не со значением 1, а с желаемым количеством перезагрузок перед следующей проверкой.